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科研进展

Nature Cell Biology | 黄超兰团队与合作者首次在单碱基分辨率和单细胞层面精准鉴定RBP结合位点


2021年6月10日，生命科学联合中心黄超兰团队，与中国科学院生物物理研究所薛愿超团队、广东省第二人民医院孙青原团队，合作在Nature Cell Biology上发表了题为“Global profilingof RNA-binding protein target sites by LACE-seq”的论文，该研究开发了可在微量细胞中鉴定RNA结合蛋白（RNA-binding protein, RBP）作用靶点的新技术LACE-seq（Linear amplification of cDNA endsand sequencing）。通过线性扩增逆转录酶在RBP结合位点处的终止信号，首次实现了在单碱基分辨率和单细胞层面精准鉴定RBP的结合位点，为研究 RBP在胚胎发育和生殖疾病中的功能机制打开了大门。
在本研究中，黄超兰团队使用原创新颖的微量样品蛋白质组学技术对Ago2-/-卵母细胞和空白对照细胞进行蛋白质组学分析，共鉴定到2715个蛋白，其中与Ago2结合的蛋白数量为1155个。与对照组相比，在Ago2-/-卵母细胞中出现特异性上调和下调的蛋白数量分别为170和80个。根据endo-siRNA密度将蛋白分为两组后的分析结果显示，Ago2-/-卵母细胞中endo-siRNA密度与蛋白质水平变化呈正相关趋势。此外，黄超兰团队还根据LTR序列逆转录建立了新的数据库进行de novo分析，结果表明在Ago2-/-卵母细胞中可检测到的LTR衍生且上调的嵌合蛋白比例为17.6%。蛋白组学分析结果证实了嵌合蛋白的存在，并进一步说明Ago2-endo-siRNA介导的翻译调控广泛存在于小鼠卵母细胞中。
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微量样品蛋白质组学分析

此前，黄超兰团队与浙江大学方群团队合作在单细胞蛋白组学分析研究领域取得突破性进展，成果于2018年发表在Analytical Chemistry上[1]。目前基于质谱的“单细胞”和“极微量样品”蛋白质组学技术已上升到皮升级gOAD chip (3.0), 连续在2019和2020年的国际权威会议上被认可为单一体细胞中鉴定最高蛋白量的最灵敏方法。未来，黄超兰团队将继续深耕前沿技术方法开发，为推动基础生物学和临床领域的创新研究提供最有质量保证的蛋白质组和质谱技术手段。 
生命科学联合中心、北京大学医学部精准医疗多组学研究中心黄超兰教授，中国科学院生物物理研究所薛愿超研究员，广东省第二人民医院孙青原教授为本文的共同通讯作者；中科院生物物理所博士研究生苏瑞宝、生物物理所副研究员曹唱唱、动物所博士研究生樊立华为本文的共同一作。
 
原文链接：
https://www.nature.com/articles/s41556-021-00696-9#citeas

相关文章：
1.Li, Z., et al. Nanoliter-Scale Oil-Air-Droplet Chip-Based Single CellProteomic Analysis. Anal Chem. 2018, 90(8), 5430-5438.


 


点击次数：  更新时间：2021-06-15 09:42:06  【打印此页】  【关闭】
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